木こりの老人に育てられた日本太郎（檜の元太郎）は、老人の遺産であるへんぴな山々を受け継いだ。後に山々はダム建設や観光事業のために買われ、資産一兆円の大金持ちになった。太郎は「一兆円を世界から国境を取り除くために使う」と結論し、空飛ぶ潜水空母「日本号」を建造している間に、世界中を旅しながら仲間探しに出かけた。海上航行・水中翼走・マッハ１５での飛行・宇宙飛行が可能な日本号に乗って、太郎は仲間ともに未知なる冒険へと旅立つ――。