あやかし特捜隊――それは、江戸時代にあやかし奉行として隠密裏に発足して以来、現代まで妖怪退治を任務とする影の警察である。
元自衛隊特殊工作員の幽鬼京介は、何も分からぬまま、あやかし特捜隊に配属される。街で本部を探して道に迷っていると、遊撃隊員の水無月魔衣が妖怪退治している現場に遭遇する・・・。