17歳のコトリと彼女に恋するゴジラは、自分たちの正体も知らぬまま、平凡な高校生活を送っていた。
そこへ、奇妙な転校生・カリスが現れる。ゴジラは、ビン底メガネをかけた彼をからかい、足をかけて転ばせる。メガネが外れた彼の額には、コトリの胸とゴジラの拳にあるソレと全く同じ形の、幾何学模様の痣が隠されていた…！